al-Abrasyi,  Muhammad ‘Athiyah. Dasar-dasar Pokok Pendidikan Islam, terj. Bustami A. Gani dan Djohar Bahry. Jakarta: Bulan Bintang, 1993. 
Alam, Masnur. Model Pesantren Modern Sebagai Alternatif Pendidikan Masa Kini dan Mendatang. Jakarta: GP Press, 2011.  	
al-Attas, Syed Muhammad Naquib (ed). Aims and Objectives of Islamic Education. Jeddah: King Abdul Aziz University,1979.
Azra, Azyumardi. Pergolakan Politik Islam dari Fundamentalisme, Modernisme hingga Post-Modernisme. Jakarta: Paramadina, 1996.
Bruinessen, Martin Van. “Netherlands Paper presented at the ISIM workshop on The Madrasa in Asia,â€ dalam  http://murtaufuq.blogspot.com/2008_09_01_archive.html.
Dhofier, Zamakhsari. Tradisi Pesantren. Jakarta: LP3ES, 1994.
Faizin, Hamam. “Pesantren Wajah Multikultural Islam Indonesiaâ€ dalam Pesantren dan Demokrasi, Jejak Demokrasi Dalam Islam. Jakarta: Titian Pena, 2010.
Hamim, Thoha. “Pesantren Sebagai Alternatif Ideal Bagi Sikap Hidup di Tengah Modernitasâ€ dalam Tadzkirah Jurnal Pendidikan Islam, Vol. 6 Th. 6, Februari 2011. Jombang: UNIPDU, 2011.         
Hedari, Amin et. al. Masa Depan Pesantren: Dalam Tantangan Modernitas dan Kompleksitas Global. Jakarta: IRD Press, 2004.
http://tempo.com
Imarah, Muhammad. Fundamentalisme Dalam Perspektif Barat dan Islam, terj. Abdul Hayyie al-Kattani. Jakarta: Gema Insani Press, 1999.
Indra, Hasbi. Pesantren dan Transformasi Sosial Studi Atas Pemikiran K.H. Abdullah Syafi’ie dalam Bidang Pendidikan Islam. Jakarta: Penamadani, 2003. 
Jamil, Muhsin. Membongkar Mitos Menegakkan Nalar: Pergulatan Islam Liberal versus Islam Literal. Yogayakarta: Pustaka Pelajar, 2005.  
Kurzman, Charles. Wacana Islam Liberal: Pemikiran Islam Kontemporer tentang Isu-isu Global. Jakarta: Paramadina, 2001. 
Ma’arif, Syamsul. Pesantren vs Kapitalisme Sekolah. Semarang: NEED’S Press, 2008. 
Mahendra, Yusril Ihza. Modernisme dan Fundamentalisme dalam Politik Islam, terj. Mun’im A Sirry. Jakarta: Paramadina, 1999.
Mardianto, Pisdoni. Sejarah Masuk dan Berkembangnya Islam di Nusantara, dalam http://pisdonimardianto.blogspot.com/2015.
Mastuhu. Dinamika Sistem Pendidikan Pesantren Suatu Kajian Tentang Unsur dan Nilai Sistem Pendidikan Pesantren. Jakarta: INIS, 1994. 
Mas’ud, Abdurrahman. Dari Haramain ke Nusantara. Jakarta: Kencana Prenada Media Group, 2006.
Mirri, Seyyed Mohsen. Muthahhari, Antara Literalisme dan Liberalisme, http://selak.blogspot.co.id/2010/02/muthahhari-antara-literalisme-dan.html?m=1 
Mutawalli. JIL Menggugat Digugat. Mataram: LKIM IAIN Mataram, 2009.
Nurhayati, Anin. Kurikulum Inovasi Telaah Terhadap Pengembangan Kurikulum Pendidikan Pesantren. Tulungagung: Teras, 2010. 
Qomar, Mudjammil. Pesantren Dari Transformasi Metodologi Menuju Demokratisasi Institusi. Jakarta: Penerbit Erlangga, 2005. 
Rahman, Fazlur. Islam dan Modernitas Tentang Transformasi Intelektual. Bandung: Pustaka, 2005.
Rahmat, Imdadun. Arus Baru Islam Radikal. Jakarta: Erlangga, 2005.  
Rais, Amin. Cakrawala Islam. Bandung: Mizan, 1999.
Shihab, Habib Rizieq. Dialog Piagam Jakarta: Kumpulan Jawaban. Jakarta: Pustaka Ibnu Sidah, 2000.
Roibin. Relasi Agama dan Budaya Masyarakat Kontemporer. Malang: UIN Malang Press, 2009.
Rubaidi. “Negara Dan Radikalisme Agama di Indonesiaâ€ dalam Dialektika Teks Suci Agama, ed., Irwan Abdullah, dkk. Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 2008.
Suara Hidayatullah, edisi 09.XII/Syawal 1422.
Tibi, Bassam. Ancaman Fundamentalisme: Rajutan Islam Politik Dan Kekacauan Dunia Baru. Yogyakarta: Tiara Wacana, 2000.
Turmudi, Endah dan Riza Sihbudi. Islam dan Radikalisme di Indonesia. Jakarta: LIPI Press, 2005.
Wahid, Abdurrahman. the Wall Street Journal, 30/12/2005.
Wahid, Abdurrahman. Pergulatan Negara, Agama dan Kebudayaan. Jakarta: Desantara, 2001.    
www.kemenag.co.id/berita/480851/konferensi.
Zada, Khamami. Islam Radikal: Pergulatan Ormas-ormas Islam Garis Keras di Indonesia. Jakarta: Teraju, 2002.