1 Zainal Abidin Bagir, Integrasi Ilmu dan Agama, hlm. 40.
2  http//www. “hubungan sains dan agama, tanggal 25-09-2017.
3  Bagir, Inetegrasi Ilmu dan Agama, hlm. 41-42.
4 John F. Haught, Science and Religion:  From Conflik to Conversation. (New York : Paulist Press, 1995). Terj. Frtansiskus Borgias, Perjumpaan Sains dan Agama  dari Konflik ke Dialog. (Bandung : PT. Mizan Pustaka, 2004, cet. I), hlm. XX.
5 Bagir, Inetegrasi Ilmu dan Agama , hlm. 21.
6 Mehdi Golshani.  Issues in Islam and science.(Teheran : Institute for Humanities and Cultural Studies). Terj. Ahsin Muhammad. Melacak jejak Tuhan dalam Sains : tafsir Islami atas Sains.  (Bandung : PT Mizan Pustaka, 2004, cet. I), hlm. xiv.
7Depdiknas, Kamus Besar Bahasa Indonesia. (Jakarta : Balai Pustaka, 2005, cet. 3, ed.3), hlm. 978 
8Depdiknas, Kamus Besar Bahasa Indonesia, hlm. 12.
9 Dapat dipahami hubungan anatar manusia dengan Tuhan berupa prilaku atau akhlak, hubungan manusia dengan alam berupa kesadaran, dan hubungan antara alam dengan Tuhan berupa fenomena alam. Lihat, Alef  Theria Wasin. Kajian dan penelitian Agama : paduan kualitatif dan kuantitatif. (Yogyakarta : Bunga Grafic Production, 2005, cet. I), hlm. 43.
10 Zainal Abidin Bagir dkk, Ilmu, Etika dan Agama. ( Yogyakarta : CRCS, 2006, cet. 
II), hlm. 22.  Pada perkembangannya “saintismeâ€ telah dianggap usang dan mengalami pergeseran dan semakin menghilang dari lingkungan para ahli sains. Walaupun pengaruhnya masih terdapat dalam imajinasi umum. Atau dengan kata lain “perkembangan baru bagi sains yaitu adanya kecendrungan sains-sains eksak untuk menjauhkan diri secara radikal dari meterialismeâ€
11 Bagir, Inetegrasi Ilmu dan Agama, hlm. 41-42.
12 http//www. “hubungan sains dan agama. tanggal 25-09-2017.
13 Pendekaan konflik ini merupakan posisi pertama dalam pendekatan sains dan agama, pendekatan ini disepakati oleh para ilmuan khususnya oleh John F. Haught dan Lan Barbour (disebut sebagai typologi ). Pendekatan ini beranggapan bahwa “sains dan agamaâ€ selalu berada dalam pertentangan dan berseberangan taua seolah-olah tak terjembatani.
14Mujamil Qomar, Epitemologi Pendidikan Islam: dari Metode rasional hingga metode kritik. (Jakarta : Erlangga, 2005, cet. I), hlm. 89.
15 Bagir, Inetegrasi Ilmu dan Agama , hlm. 45-46.
16 Kesan-kesan yang diperoleh oleh panca indra melalui observasi. Dan menurut al- Quran Allah berfirman “Maka, apakah mereka tidak memperhatikan unta, bagaimana ia diciptakan. dan langit, bagaimana  d tinggika. Dan gunung-gunung, bagaimana, ditegakkan? (Q.S. al-Ghasyiyah: 17-18)
17Eksprimentasi dan observasi adalah perlu untuk memperoleh pengetahuan dari dunia luar, tetapi hal itu tidak memadai untuk menafsirkan dan mengkorelasikan data eksperimental. Karena dalam realitanya hal yang membedakan manusia dan binatang bukanlah indra eksternal mereka, melainkan penalaran dan perenungan atas data-data empiris.
18 Merupakan cara yang tidak bias diperoleh oleh setiap orang dan dan setiap waktu. Pada level tertinggi, intuisi ini dapat berwujud wahyu (dalam Islam) yang khusus diperuntukkan pada nabi dan pada level terendah dapat berupa ilham.
19 Haught. Science and Religion, hlm. 25.
20 Haught. Science and Religion, hlm. 1-2.
21 Bagir, Inetegrasi Ilmu dan Agama, hlm. 18-19.
22 http//www. “Hubungan Agama dan Sainsâ€, tanggal 25-09-2017. 
23 Bagir, Inetegrasi Ilmu dan Agama, hlm. 219
24 Golshani, Issues in Islam and science,hlm. 8. 
25 http//www.suarapembaruan.com. “Hubungan Sains dan Agamaâ€, tanggal 25-09-2017.
26 Harun Yahya, Pustaka Sains Populis Islami, ditelusuri melelui program E-Book.
27 “Allah, tidak ada Tuhan melainkan Dia Yang Hidup kekal lagi terus menerus mengurus (makhluk-Nya); tidak mengantuk dan tidak tidur. Kepunyaan-Nya apa yang di langit dan di bumi. Siapakah yang dapat memberi syafa’at di sisi Allah tanpa izin-Nya? Allah mengetahui apa-apa yang di hadapan mereka dan di belakang mereka, dan mereka tidak mengetahui apa-apa dari ilmu Allah melainkan apa yang dikehendaki-Nya. Kursi Allah meliputi langit dan bumi. Dan Allah tidak merasa berat memelihara keduanya.â€ ( QS. Al Baqarah, 2: 255).
28 Alef Theria Wasim, Religion, Sains, Society Bloemlezing, (Yogyakarta, Bunga Graphic Production, 2006), hlm.15.
29 Ibid., hlm. 16.
30  A. Mukti Ali, Beberapa Persoalan Agama Dewasa ini, (Jakarta: Rajawali, 1981), hlm. 328.