Abdurrahman Muhammad ‘Imaduddin dan Mukjizat Al-Qur’an dan As-Sunnah Tentang IPTEK.Jakarta: GIP,1997.
Aboebakar Aceh, Pengantar Ilmu Tarekat: Uraian tentang Mistik  Solo: Ramadhani, 1990, Cet. VI).
Abuddin Nata dkk, Prospectus UIN Syarif Hidayatullah. (Jakarta: UIN Jakarta Press, 2006.
Al-Attas menduga bahwa Hamzah Fansuri meninggal sebelum 1607. Pendapatnya ini didasarkan pada sebuah syair pendek yang berjudul Ikatan-Ikatan ‘Ilmu al-Nisa’. Uraian lebih lengkap baca Syed Muhammad Naquib al-Attas, The Mysticim of Hamzah Fansuri Kulala Lumpur, University of Malai Press, 1970 .
Andi Faisal Bakti, Islam and Nation Formation in Indonesia: From Communitarianto Organizational  Communications, Jakarta: Logos, 2000.
Azyumardi Azra, Islam Nusantara: Jaringan Global dan Lokal, Bandung: Mizan, 2002.
Bagong Suyanto dkk, Metode Penelitian Sosial, Jakarta: Kencana, 2006.
Diunduh dari http://Islamandsains.wordpress.com pada tanggal 15 Pebruari 2015.
Fuad Jabali dan Jamhari,  IAIN dan Modernisasi Islam di Indonesia, Jakarta: Logos Wacana Ilmu, 2002.
Julian Baldick, Islam Mistik :Mengantar Anda ke Dunia Mistik, terj. Satrio Wahono (Jakarta: Serambi’ 2002.
Koentjaraningrat, Metode-Metode Penelitian Masyarakat, Jakarta: Gramedia Edisi III, 1997.
G.S. Hodgson, The Venture of Islam: Iman dan Sejarah dalam Peradaban Islam, terj. Mulyadi Kartanegara, Jakarta: Paramadina, 1999.
M. Amin Abdullah dkk, Integrasi Sains-Islam Mempertemukan Epistimologi Islam dan Sains, Yogyakarta: Pilar Religia,  2004.
M. Amin  Abdullah, Islamic Studies di Perguruan Tinggi: Paradigma Integratif-Interkonektif,  Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 2006.
M. Jamil, Cakrawala Tasawuf : Sejarah, Pemikiran dan Kontekstualitas, Jakarta: Gaung Persada, Press, 2004. 
Machasin, Integrasi Ilmu-ilmu KeIslaman: Sebuah Catatan Kecil, Makalah Lokakarya Penyusunan Desain Keilmuan Integratif di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, 9 Mei 2004.
Nor Huda, Islam Nusantara: Sejarah Sosial Intelektual Islam di  Indonesia (Yogyakarta: Ar-Ruzz Media, 2013.
Robert C. Bogdan dan Steven Taylor, Introduction to Kualitatif reaseach Method, (New Jersey: John Willey and Son, 1984.
Simuh, Tasawuf dan Perkembangannya dalam Islam Jakarta: Rajagrafindo Persada, 1996.
Syafa’atun Almirzanah, Upaya Integrasi Hermeneutika dalam al-ur’an dan Hadis, (Lembaga Penelitian UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, buku Tradisi Islam Jilid 1,  2009.
Syafa’atun Almirzanah, Upaya Integrasi Hermeneutika dalam al-ur’an dan Hadis, (Lembaga Penelitian UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, buku Tradisi Islam Jilid 2,  2009. 
Victor Tanja,  Himpunan Mahasiswa Islam (Jakarta: Sinar Harapan, 1982.
Waryani Fajar Riyanto, Integrasi-Interkoneksi Keilmuan Biografi Intelektual M.Amin Abdullah, Person, Knowledge, and Istitution, Yogyakarta: Suka Press, 2013.
Hawash Abdullah, Perkembangan Ilmu Tasawuf dan Tokoh-Tokohnya di Nusantara, Al-Ikhlas, Surabaya, 1930.
Abuddin Nata, Akhlak Tasawuf, Jakarta: Rajawali Press, 2010.
Harun Naasution, Falsafah dan Mistisme dalam Islam, Jakarta: Bulan Bintang, 2003.
M. Sholihin dan Rosihon Anwar, Ilmu Tasawuf, Pustaka Setia, Bandung, 2008.
Azyumadi Azra, jaringan Ulama Timur Tengah dan Kepulauan Nusantara Abad XVII dan XVIII, Mizan, Bandung, 1995.
Zainul Milal Bizawie, Perlawanan Kultural Agama Rakyat: Pemikiran  dan Paham Keagamaan Syeikh Ahmad al-Mutamakkin dalam Pergumulan Islam dan Tradisi (1645-1740) Yogyakarta dan Jakarta: SAMHA  dan KERiS, 2002.
Zulkifli, Sufism in Java: The Role Pesantren in the Maintenance of Sufism in Java, Leiden-Jakarta: INIS, 2002.