Abdullah,  M. Amin Islamic  Studies  di Perguruan Tinggi: Pendekatan Integratif-Interkonektif, Yogyakarta:  Pustaka Pelajar,  2006.
———, “Agama,  Ilmu,  dan   Budaya,  Paradigma Integrasi dan Interkoneksiâ€ Naskah Pidato Pengukuhan 	Anggota     Akademi     Ilmu Pengetahuan Indonensia (AIPI), Yogyakarta: UGM, 17 Agustus  2013.
A Fuadi, Negeri Lima Menara,  Yogyakarta: Bentang,2007.
Asy-Syaibani, Umar  Muhammad At-Toumy. 1975.
Falsafah  atTarbiyyah  al-Islamiyyah.  Trabulus: Asy-Syirkah al-Ammah.
Asy’arie, Musa, Perubahan Budaya, Jakarta: Kompas,  28 Agustus,  2007.
Azra, Azumardi, Pendidikan Islam,Tradisi  Dan Modernisasi  Menuju Milinium Baru, Bandung: Mizan, 2005.
———,Ulama Indonesia di Haramayn: Pasang dan Surutnya  Sebuah Wacana Intelektual, Ulumul Qur’an  vol.III no.3,  1992.
Bruinessen, Martin Van, Kitab Kuning, Pesantren dan  Tareqat,  Bandung:  Mizan, 1995.
Chossudovsky,  Michael.  1997.  The  Globalization of  Poverty:  Impact   of  IMF and  World  Bank Reforms.  Penang: Third World  Book.
Dhofier, Zamakhsari. Tradisi Pesantren, Studi Tentang
Pandangan Hidup Kyai, Jakarta:  LP3S, 1987. Encyclopedia from  Wikipedi,  http://en.wikipedia.org/wiki/Boarding-school, 7 November, 2011.
H. Sofwan Manaf, Pola Manajemen Penyelenggaraan Pondok Pesantren, Jakarta,  Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama  Islam  Depag  RI., 2001
Hak, Nurul, Model Pendidikan Islam di Indonesia: kajian Historis Terhadap Perkembangan Pesantren  dan   Madrasah  Awal  Abad  ke
20,  Jurnal  Penelitian  Agama.  Vol.  XI. No.3 September-Desember, 2001.
Hasbullah,   Sejarah    Pendkidikan   Islam    di Indonesia, Lintasan  Sejarah  Pertumbuhan dan Perkembangan, Jakarta:  Rajawali Press,  2002. Indra,  Hasbi,  Pesantren dan  Transformasi Sosial, studi  atas  pemikiran  KH. Abdullah  Syafi’ie dalam   bidang   ppendidikan  Islam,  Jakarta: Penamadani,  2003.
Koentjaraningrat,  Sejarah   Teori  Antropologi   I, Jakarta:  UI Press,  1987.
Madjid, Nurkholish,  Bilik-Bilik Pesantren, Jakarta: Paramadina, 1998.
Masaru Emoto, The True Power  of Water  (Bandung: MQ Publishing,  2003).
Maksudin, Pendididikan Nilai Sistem Boarding School di Sekolah  Menengah Pertama Islam  Terpadu Abubakar Yogyakarta, (Disertasi, tidak diter- bitkan),  Yogyakarta: UIN Sunan  Kalijaga, 2008.
Mulkhan, Abdul Munir, Paradigma Intelektual Muslim, Pengantar Filsafat Pendidikan Islam dan  Dakwah,  Yogyakarta:  Sipress,  1993.
Nizar, Samsul,  Sejarah  Pendidikan Islam Menelusuri Jejak Sejarah  Pendidikan Era Rasulullah sampai ke Indonesia, Jakarta:  Kencana, 2007.
Qomar, Mujamil, Pesantren, dari transformasi metodologi menuju demikratisasi metodologi, Jakarta:  Erlangga,  2005.
Rahardjo,  Dawam  (ed),  Pesantren dan  Perubahan, Jakarta:  LP3ES, 1996.
Rahman, Fazlur, Islam,  Bandung:  Mizan, 1987.
———, Islam  dan  Modernisme, Bandung:  Mizan,
1990.
Steenbrink, Karel A., Pesantren Madrasah Sekolah, Jakarta:  LP3ES, 1986.
Sulistyorini, Manajemen Pendidikan Islam, Konsep, Strategi dan  Aplikasi, Yogyakarta: Teras, 2008. Susilo  Martoyo,  Pengetahuan  Dasar  Manajemen dan  Kepemimpinan, Yogyakarta : BPFE, 1988
Tafsir, Ahmad, Filsafat Pendidikan Islami, Bandung: Remaja  Rosda  Karya, 2006.
Yasmadi,  Modernisasi  Pesantren, kritik Nurcholish Madjid terhadap pendidikan Islam tradisional, Jakarta:  Ciputat  Press,  2002.
Yudian Wahyudi,  Islam; Percikan Sejarah,  Filsafat, Politik,  Hukum  dan  Pendidikan Yogyakarta: Pesantren Nawesea Press,  2010.
______, Jihadi  Ilmiah  dari  Tremas   ke  Harvard, Yogyakarta:  Pesantren Nawesia  Press,  2009