Abdullah, M. Amin, Islamic Studies di Perguruan Tinggi: Pendekatan Integratif-Interkonektif, Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 2012.
Al Munawar, Said Agil Husin, Sambutan Meteri Agama Dalam Acara Dies Natalis Ke-45/Lustrum Ke-9 IAIN/UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, 8 Juni 2002, dalam Kusmana dan Yudhi Munadi, (Ed), Proses Perubahan IAIN Menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Jakarta: UIN Jakarta Press, 2002.
_____, Genealogi of Islamic Education: Roles In The Modernization Of Muslim Society, dalam Heritage Of Nusantara; International Journal Religoius Literature and Heritage, Vol. 4. No. 1 2015
_____, IAIN di Tengah Paradigma Baru Perguruan Tinggi, dalam Komaruddin Hidayat dan Hendri Prasetyo (Ed), Problem dan Prospek IAIN: Antologi Pendidikan Tinggi Islam, Jakarta: Direktorat Pembinaan PTAI Dirjen Bimbaga Islam, 2000.
_____, Islam Nusantara: Jaringan Global dan Lokal, Bandung: Mizan, 2002.
_____, Kata Pengantar Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dalam Abuddin Nata, dkk, Integrasi Ilmu Agama dan Ilmu Umum, Jakarta: Rajawali Press, 2003.
_____, Kata Pengantar Rektor UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dalam Abuddin Nata, dkk, Integrasi Ilmu Agama dan Ilmu Umum, Jakarta: Rajawali Press, 2003.
_____, Konflik Baru Antar Peradaban: Globalisasi, Radikalisme & Pluralitas, Jakarta: Rajawali Press, 2002.
_____, Konteks Berteologi di Indonesia Pengalaman Islam, Jakarta: Paramadhina, 1999.
_____, Membangun Integrasi Ilmu, Iman, Amal dan Akhlak, Sambutan Pidato Peresmian IAIN Syarif Hidayatullah menjadi UIN SYarif Hidayatullah, Jakarta, 8 Juni 2002) dalam Kusmana dan Yudhi Munadi, (Ed), Proses Perubahan IAIN Menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Jakarta: UIN Jakarta Press, 2002.
_____, Paradigma Baru Pendidikan Nasional Rekonstruksi dan Demokratisasi, Jakarta: Kompas, 2002.
_____, Paradigma Baru PTAI/PTKI; Menuju Renaisans Peradaban Islam, Makalah disampaikan pada Kuliah Umum Program Studi S2 PAI Pascasarjana IAIN Bukittinggi, Selasa 9 Juni 2015
_____, Pendidikan Islam dalam Sistem Pendidikan Nasional di Indonesia (Edisi Revisi), Jakarta: Kencana, 2012.
_____, Pendidikan Islam Tradisi dan Modernisasi di Tengah Tantangan Milenium III, Jakarta: Logos, 2012.
_____, Rekonstruksi Kritis Ilmu dan Pendidikan Islam, dalam Abdul Munir Mulkhan, dkk, Rekonstruksi Pendidikan dan Tradisi Pesantren: Religiusitas Iptek, Yokyakarta: Pustaka Pelajar, 1998.
_____, Transformasi Islam Paradigmatik dalam Dinamika Global, dalam Nurus Shalihin, dkk (Ed), Mozaik Islam Nusantara: Seri Agama, Budaya, Ilmu Pengetahuan dan Negara, Padang: IAIN Imam Bonjol Press, 2014.
_____, Visi IAIN di Tengah Paradigma Baru Perguruan Tinggi, dalam Abdul Halim (Ed), Teologi Islam Rasional; Apresiasi Terhadap Wacana dan Praksis Harun Nasution, Jakarta: Ciputat Press, 2005.
____, Visi IAIN di Tengah Paradigma Baru Perguruan Tinggi, dalam Abdul Halim (Ed), Teologi Islam Rasional; Apresiasi Terhadap Wacana dan Praksis Harun Nasution, Jakarta: Ciputat Press, 2005.
Iswantir M: Context of Scientific and Institusional Renewal in Islamic Higher Education (PTKI)
Bagir, (Ed), Zainal Abidin, Integrasi Ilmu dan Agama: Interpretasi dan Aksi, Bandung: Mizan, 2005.
Brodjonegoro, dkk,Satryo Seomantri, Implementasi Paradigma Baru Pendidikan Tinggi, dalam Fasli Jalal dan Dedi Supriadi, Reformasi Pendidikan dalam Konteks Otonomi Daerah, Yokgakrta: Adicita Karya Nusa, 2001.
Dwifatma, Andina, Cerita Azra; Biografi Cendekiawan Muslim Azyumardi Azra, Jakarta: Airlangga, 2011.
Furchan, Arif, dan Agus Maimun, Studi Tokoh: Metode Penelitian Mengenai Tokoh, Yokyakarta: Pustaka Pelajar, 2005.
Husaini, Adian, Virus Liberalisme di Perguruan Tinggi Islam, Jakarta: Gema Insani Press, 2009.
_____, Liberalisasi di Indonesia: Fakta, Gagasan, Kritik, dan Solusinya, Jakarta: Gema Insani Press, 2015.
Jamhari, IAIN Jakarta: Konteks Sejarah, Masa Kini, dan Prospek ke Depan dalam Kusmana dan Yudhi Munadi, (Ed), Proses Perubahan IAIN Menjadi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Jakarta: UIN Jakarta Press, 2002.
Kepres RI No. 31 Tahun 2002 tentang Perubahan IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Kusmana, (Ed), Integrasi Keilmuan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Menuju Universitas Riset, Jakarta: UIN Jakarta Press, 2006.
Mahzar, Armahedi, Merumuskan Paradigma Sains dan Teknologi Islam: Revolusi Integralisme Islam, Bandung: Mizan, 2004.
Muhaimin, Pemikiran dan Aktualisasi Pengembangan Pendidikan Islam, Jakarta: Rajawali Press, 2011.
Muqowim, Genealogi Intelektual Saintis Muslim: Sebuah Kajian tentang Pola Pengembangan Sains dalam Islam pada Periode ‘Abbasiyyah, Jakarta: Kementerian Agama, 2012.
Nata, Abuddin, dkk, Integrasi Ilmu Agama dan Ilmu Umum,Jakarta: Rajawali Press, 2003.
Nata, Abuddin, Tokoh-tokoh Pembaharuan Pendidikan Islam di Indonesia, Jakarta: Rajawali Press, 2005.
Natsir (ed), Nanat Fatah, Strategi Pendidikan: Upaya Memahami Wahyu dan Ilmu, Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 2010.
Nurlena, dkk, Integrasi Keilmuan dalam Pengembangan Kurikulum di UIN se-Indonesia: Evaluasi Penerapan Integrasi Keilmuan UIN dalam Kurikulum dan Proses Pembelajaran, Jakarta: TARBIYA Vol. 1, No. 1, Juni 2014.
Riyanto, Waryani Fajar, Integrasi-Intekkoneksi Keilmuan: Biografi Intelektual M. Amin Abdullah (1953-...) Person, Knowledge, and Institution, Yokyakarta: SUKA Press, 2013.
Sambutan Menteri Pendidikan Nasional RI Prof. Dr. H. Malik Fadjar, M.Sc pada Upacara Dies Natalis Ke-45/Lustrum Ke-9 IAIN dan Peresmian UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Sabtu, 08 Juni 2002
Suprayogo, Imam, Paradigma Pengembangan Keilmuan Islam: Perspektif UIN Malang, Malang: UIN Press, 2006.
Suprayogo, Membangun Perguruan Tinggi Islam Bereputasi Internasional: Laporan Pertanggungjawaban Rektor UIN Maulana Malik Ibrahim Periode 2009-2013, Malang: UIN Malang, 2013.
_____, Memelihara Sangkar Ilmu: Refleksi Pemikiran dan Pengembangan UIN Malang, Malang: UIN Malang Press, 2006.
Sutrisno, Pembaharuan dan Pengembangan Pendidikan Islam: Membentuk Insan Kamil yang Sukses dan Berkualitas, Yokyakarta: Fadilatama, 2011.
Suwito, Mungkin Segalanya Mungkin: Otobiografi Suwito, Tangerang Selatan: YPM, 2016.
Syamsuddin, Ach. Maimun, Integrasi Multidimensi Agama dan Sains: Analisis Sains Islam Al-Attas dan Mehdi Golshani, Jogjakarta: IRCiSoD, 2012.
Taher, Tarmizi, Membumikan Ajaran Ketuhanan: Agama dalam Transformasi Bangsa, Jakarta: Hikmah, 2003.
Tholkhan, Imam, dan Ahmad Barizi, Membuka Jendela Pendidikan: Mengurai Tradisi dan Integrasi Keilmuan Pendidikan Islam, Jakarta: Rajawali Press, 2004.
Tim Penyusunan Buku Pedoman Akademik UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Tahun 2015, Pedoman Akademik Program Strata 1 Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta 2015/2016, Jakarta: Biro Akademik, Kemahasiswaan dan Kerjasama UIN Syarif Hidayatullah Jakarta: 2015.
Yatim, Badri, dan Hamid Nasuhi, (Ed), Membangun Pusat Keunggulan Studi Islam; Sejarah dan Profil Pimpinan IAIN Jakarta 1957-2002), Jakarta: IAIN Jakarta Press, 2002.