Abdullah, M Amin, “Islam dan Modernisasi Pendidikan di Asia Tenggara : Dari Pola Pendekatan Dikotomis-Atomistik Kearah Integratif-Interdisiplinaryâ€, disampaikan dalam Konferensi Internasional Antar Bangsa Asia Tenggara, Universitas GadjahMada, 10 –11 Desember 2004.
Abdullah, M Amin, Islamic Studies di Perguruan Tinggi, Pendekatan Integratif­Interkonektif,Yogyakarta: Pustaka Pelajar 2006.
Azra, Azyumardi, IAIN di Tengah Paradigma Baru Perguruan Tinggi http://www.ditpertais.net/artikel/azyu01.asp
Barbour, Ian G., Juru Bicara Tuhan: Antara Sains dan Agama, terj. E.R. Muhamad, Bandung:Mizan, 2000.
Dahlan, Moh, Gagasan Islam Kontemporer M Amin Abdullah, http:// drdahlan.blogspot. com/2009/08/gagasan-islam-kontemporermenurut-m.html
Dhalimunthe, Sehat Sulthoni, “Landasan Filsafat Pendidikan Islam Muhammad Abduhâ€ dalam Jurnal Miqot Vol. XXXIV No. 2 Juli-Desember 2010
Fridiyanto, Manajemen Perubahan Perguruan Tinggi Islam: Konsep dan Praksis Prof.Dr. Imam Suprayogo, Dosen Mata Kuliah Perencanaan Strategik Pendidikan di Program Studi Manajemen Pendidikan Islam Fakultas Tarbiyah IAIN Sumatera Utara, diakses dalam https://www.academia.edu/3136880/Manajemen_Perubahan_Studi_
Kepemimpinan_Prof._Dr._Imam_Suprayogo_UIN_Malang, tanggal 24 Agustus 2016. http://download.portalgaruda.org/article.php?a
rticle=312502&val=7463&title=EPISTEMOLOGI%20KEILMUAN%20DALAM%20ISLAM:%20KAJIAN%20TERHADAP%20PEMIKIRAN%20M.%20AMIN%20ABDULLAH, diakses tanggal 24 Agustus 2016 http://jurnalhunafa.org/index.php/hunafa/article/view/182 diakses 18 Agustus 2016 http://jurnalmiqotojs.uinsu.ac.id/index.php/
jurnalmiqot/article/view/206/198 diakses tanggal 24 Agustus 2016
http://jurnalmiqotojs.uinsu.ac.id/index.php/jurnalmiqot/article/view/66/46, diakses tanggal 19 Agustus 2016. http://old.uin-malang.ac.id/images/uin/pohon_uin.jpg, diakses tanggal 21 Agustus 2016 http://uin-suka.ac.id/id/page/fakultas, diakses tanggal 21 Agustus 2016
http://www.uin-malang.ac.id/s/uin/prodi,diakses tanggal 21 Agustus 2016.| 240 
M Zainuddin, UIN: Menuju Integrasi Ilmu  dan Agama,http://zainuddin.lecturer.uin-malang.ac.id/2013/11/08/uin-menuju-integrasi-ilmu-danagama-2/diakses tanggal 20 Agustus 2016.
Madjid, Nurcholish, Islam Kemodernan dan Keindonesiaan, Bandung: Mizan, 1998.
Madung, Otto Gusti, “Relasi Agama dan Moralitas Masyarakat Postsekular Negara: Telaah atas Pemikiran Juergen Habermasâ€, dalam Jurnal Millah, Vol. X, No 2, Februari 2011.
Meuleman, Johan Hendrik, IAIN di Persimpangan Jalan, http://www.ditpertais.net/artikel/meuleman01.asp., diakses tanggal 23 Agustus 2016.
Musliadi, “Epistemologi Keilmuan dalam Islam: Kajian terhadap Pemikiran M. Amin Abdullahâ€, Jurnal Ilmiah Islam Futura, Volume XIII, No.2, Februari 2014
Nuryanti, “Filsafat Pendidikan Islam tentang Kurikulumâ€, Jurnal Hunafa Vol.5, No.3,Desember 2008
Profil http://www.uin-malang.ac.id/s/uin/profil, diakses tanggal 21 Agustus 2016
Sejarah Pendidikan Islam dan Organisasi Ditjen Pendidikan Islam, http://pendis.kemenag.go.id/index.php?a=artikel&id2=sejarahpend
is#.V6R2s9nbvIU, diakses tanggal 5 Agustus 2016
Siraj, Said Aqil, Islam: Sumber Inspirasi Budaya Nusantara Menuju Masyarakat Mutamaddin, Jakarta: LTN NU, 2014. 
Siregar, Parluhutan, “Integrasi Ilmu-ilmu Keislaman dalam Perspektif M. Amin Abdullahâ€, dalam Jurnal MiqotVol. XXXVIII No. 2 Juli-Desember 2014.