Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu merupakan unsur penjaminan mutu yang mempunyai tugas mengoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik. LPM UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu berfungsi membangun sistem penjaminan mutu akademik pada setiap level Rektorat, Fakultas, Pascasarjana, Lembaga dan Pusat (Pelaksana Teknis), Program Studi, Laboratorium, Studio, bagian dan sub bagian administrasi.

LPM UIN Fatmawati Sukarno Bengkulu berawal dari berdirinya Unit Penjaminan Mutu Akademik (UPMA) STAIN Bengkulu tahun 2005 dengan ruang lingkup kerja: 1) merencanakan dan melaksanakan sistem penjaminan mutu akademik secara keseluruhan di STAIN Bengkulu, 2) membuat perangkat yang diperlukan dalam rangka pelaksanaan sistem penjaminan mutu akademik, 3) memonitor pelaksanaan sistem penjaminan mutu akademik, 4) melakukan audit dan evaluasi pelaksanaan sistem penjaminan mutu akademik, dan 5) melaporkan secara berkala pelaksanaan sistem penjaminan mutu akademik di STAIN Bengkulu. Pada tahun 2006-2010, Drs. Rizkan A. Rahman, M.Pd dan Edi Ansyah, M.Pd menjabat ketua dan sekretaris UPMA. Setelah itu, pada tahun 2010-2013, Drs. Sukarno, M.Pd dan Mus Mulyadi, M.Pd. menjabat sebagai ketua dan sekretaris UPMA.

UPMA kemudian berganti nama menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM), perubahan ini seiring perubahan STAIN Bengkulu menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Bengkulu sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 35 tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Institut Agama Islam Negeri Bengkulu dengan fokus garapan mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan sistem penjaminan mutu akademik IAIN Bengkulu. Setelah berubah menjadi Lembaga Penjamian Mutu (LPM) pada tahun 2013, LPM dipimpin Dr. Suhirman, M.Pd sebagai Ketua dan Nurlaili, M.Pd.I sebagai sekretaris (periode 2013-2017), pada periode ini LPM dibantu dua pusat, Pusat Pengembangan Mutu Akademik (PMA) dan Pusat Pengendalian dan Pengawasan Mutu Akademik (P2MA)

Periode berikutnya tahun 2017-2021, Dr. Aan Supian, M.Ag menjabat ketua dan Dayun Riyadi, M.Pd (2017-2018) sebagai sekretaris, sekretaris selanjutnya digantikan Dr. Buyung Surahman, M.Pd (2018-2021), dan Dr. Miti Yarmunida, M.Ag sebagai kepala pusat PMA dan Dr. Adisel, M.Pd sebagai kepala pusat P2MA.

Selanjutnya tahun 2022, seiring perubahan IAIN Bengkulu menjadi Universitas Islam Negeri Fatmawati Sukarno Bengkulu, berdasarkan <strong>Peraturan Menteri Agama RI Nomor 29 tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja</strong>  merupakan unsur penjaminan mutu yang mempunyai tugas mengoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik. Prof. Dr. Samsudin, M.Pd dan Dr. Rini Fitria, M.Si menjabat ketua dan sekretaris (Januari-Desember 2022), kemudian kepemimpinan LPM lanjutkan Prof. Dr. Asnaini, MA (Februari 2023-sekarang) sebagai Ketua, dan Robeet Thadi, M.Si (Desember 2022-sekarang) sebagai sekretaris, dibantu Drs. H. Henderi Kusmidi, M.H sebagai kepala Pusat P2MA, Yunidia Een Priyanti, M.Si (Januari-Desember 2022) sebagai kepala Pusat PMA kemudian dilanjutkan Idwal B, MA sebagai kepala pusat PMA (Desember 2022-sekarang).

Di tingkat fakultas dan pascasarjana, Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) bekerja sama dengan Unit Penjaminan Mutu (UPM dan Gugus Penjaminan Mutu (GPM) untuk melaksanakan penjaminan