Program Pascasarjana merupakan Unit pendidikan dibawah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Bengkulu yang menyelenggarakan program Magister (S2). Sesuai dengan izin penyelenggaraan Program studi berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor ; Dj. I/358/2008 disebut dengan Program Pascasarjana (S2) STAIN Bengkulu.

Gagasan Pembukaan Program Pascasarjana di IAIN Bengkulu ini telah berproses sejak lama. Gagasan ini mengkristal pada tahun 2005, dengan dilakukannya penjajakan, studi banding, konsultasi dan kajian untuk mempelajari seluk beluk persiapan pendirian program pascasarjana. Pada tahun 2007 STAIN Bengkulu mendatangkan Rektor UIN Malang Prof. Dr. Imam Suprayogo dalam rangka memperoleh masukan dalam pendirian program S2.

Kemudian gagasan pendirian pascasarjana semakin menguat untuk segera ditindak lanjuti dengan langkah-langkah terencana dan terjadwal.  Berdasarkan hal tersebut langkah-langkah pembentukan disusun secara nyata dengan pembentukan kepanitian. Dan akhirnya setelah dirasakan memenuhi persyaratan, program Pascasarjana IAIN Bengkulu dibuka pada tahun 2008 dengan status masih STAIN, tepatnya pada tanggal 14 Januari 2008 dengan SK Ketua STAIN No. 0015 Tahun 2008.

Program studi yang dianggap layak sesuai dengan sumber daya pada IAIN Bengkulu waktu itu adalah program Pendidikan Islam (PAI) dan Ahwal Al-Syakhsiyah (Hukum Islam). Kedua konsentrasi ini dibuka dengan pertimbangan kebutuhan akan penguatan kualitas dosen, guru pendidikan Agama Islam, praktisi hukum Islam dan umat Islam di Bengkulu umumnya. Pembukaan dua prodi sangat dimungkinkan dilihat dari ketersediaan sumber daya pengajar, sarana dan prasarana pendukung.

Pada tahun 2011 Program Pascasarjana IAIN Bengkulu membuka program Studi Filsafat Agama yang merujuk kepada keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor : Dj.I/1876/2011 tentang Izin Pembukaan Program Studi pada Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) tahun 2011.

Perkembangan berikutnya pada tahun 2012 STAIN bengkulu berubah status menjadi IAIN Bengkulu. Alih status ini berdasarkan keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 51 tahun 2012 dan sebutan semula STAIN bengkulu menjadi IAIN Bengkulu. Pada bulan maret tahun 2013 Program Pascasarjana membuka program Studi baru, yaitu program S tudi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) setelah keluar izin penyelenggaraannya berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 642 tahun 2013.

Kemudian pada tahun 2015 Program Pascasarjana IAIN Bengkulu kembali membuka program studi baru yakni Program studi Pendidikan Anak Usia Dini Islam (PAUDI) dan Program Studi Hukum Tata Negara (HTN). Adapun legalitas pendirian dua prodi baru ini berdasarkan pada keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 2523 tahun 2015 tentang izin penyelenggaraan Program Studi Ilmu Pendidikan Anak Usia Dini Islam (PAUDI) program Magister Institut Agama Islam Negeri Bengkulu dan Hukum Tata Negara (siyasah) sesuai keputusan  Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 4510 tahun 2015 tentang izin penyelenggaraan Program Studi Hukum Tata Negara (Siyasah) Program Magister Institut Agama Islam Negeri Bengkulu tahun 2015.

Setelah kedua Program Studi tersebut selama kurang lebih tujuh tahun, maka seiring dengan kecukupan tenaga Doktor pada Program Pascasrjana maka digagaslah untuk emmbuka Program Studi lain dan sesuai denagn hasil analisis TIM disepakati untuk dibuka Program Studi Hukum Tata Negara (HTN).

Seiring dengan dibukanya Program Studi Hukum Tata Negara (HTN) untuk strata satu (S1) pada Fakultas Syari’ah IAIN Bengkulu pada tahun 2012 maka untuk mengakomodir studi lanjut alumni S1 Program Studi Hukum Tata Negara (HTN), pada tahun 2015 akhir Program Pascasarjana atas persetujuan Senat IAIN Bengkulu membuka Program Studi Hukum Tata Negara (HTN) untuk Strata dua (S2). Dan pada tahun 2016 izin untuk menerima mahasiswa baru sudah dikeluarkan. Pembukaan Program Studi ini atas permintaan dari mahasiswa Strata satu (S1) dan beberapa Instansi Vertikal, seperti Pengadilan, DEPKUMHAM, Kepolisian dan Jajaran TNI, bahkan dari kalangan profesi dan pelaku usaha, khususnya yang ada di Bengkulu.